2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。